好氧处理是指利用好氧生物处理养殖废水的一种工艺。好氧生物处理法可分为天然好氧处理和人工好氧处理两大类。
  天然好氧生物处理法是利用天然的水体和土壤中的生物来净化废水的方法，亦称自然生物处理法，主要有水体净化和土壤净化两种。前者主要有氧化塘（好氧塘、兼性塘、厌氧塘）和养殖塘等；后者主要有土地处理（慢速渗滤、快速法滤、地面漫流）和人工湿地等。自然生物处理法不仅基建费用低，动力消耗少，该法对难生化降解的有机物、氮磷等营养物和细菌的去除率也高于常规的二级处理，部分可达到三级处理的效果。此外，在一定条件下，该法配合污水灌溉可实现污水资源化利用。该法的缺点主要是占地面积大和处理效果易受季节影响等。但如果养殖场规模小且附近有废弃的沟塘和滩涂可供利用时，应尽量选择该方法以节约投资和处理费用。人工好氧生物处理是采取人工强化供氧以提高好氧生物活力的废水处理方法。该方法主要有活性污泥法、 生物滤池、生物转盘、生物接触氧化法、序批式活性污泥法（SBR）、厌氧/好氧（A/O）及氧化沟法等。就处理效果来讲，接触氧化法和生物转盘的处理效果要好于活性污泥法，虽然生物滤池的处理效果也很好，但易于出现滤池堵塞现象。氧化沟、SBR和A/O工艺均属于改进的活性污泥法。氧化沟出水水质好、产生泥量少，也可对污水进行脱氮处理，但其处理的BOD负荷小、占地面积大、运行费用高。SBR法自动化控制程度高，能够对污水进行深度处理，但其缺点是BOD负荷较小，一次性投资也大。A/O体是一种兼有去除BOD和脱氮双重作用的活性污泥处理工艺，其投资虽然偏大，但经该法处理后的水易于达标排放。因此对于那些养殖规模大、废水产生量多且有较强经济能力的养殖场可选择A/O法，而对于中等规模的养殖场可选择接触氧化和生物转盘等好氧处理工艺。

一般情况下，当悬浮的液体中固体颗粒比较大而且力度比较均匀的时候，过滤的滤渣层中的孔隙就会比较顺畅，滤液经过滤渣层速度就会比较大了。使用一些凝聚剂，把比较小的颗粒逐渐凝结成一个大的团块，这样它的过滤速度就会得到很大的。

像一些固体沉降速度比较快的悬浮物，应该要在过滤介质上加料，让过滤的方向和重力保持一致，一些粗的颗粒先沉降下来，就可以有效的减少过滤的介质和滤渣层的堵塞。

一些比较难过滤的悬浮物，如果在里面加入一部分硅藻土、膨胀珍珠岩等比较粗的固体颗粒，就可以让滤渣层变得爽，像滤液的粘度比较大的话，可以进行加热，减低粘度。