无论是滚筒筛海是洗海砂设备，都需要使用淡水进行清洗工作，这样清洗水的处理就是一项非常重要的事情，清洗水中大量的氯离子使得其不能进行循环利用，只能将其沉淀后排入海洋中去。同时在海沙淡化设备生产线中安装有氯离子检测仪，每小时对氯离子进行一次检测，以确保海沙产品达到建筑行业用沙标准。

除去氯离子有效的方法就是生成氯化物沉淀或者将氯离子变成气体排出。但这两种方法的投入成本相对较高，在现实生活中一般是不会采用的。在常用的海沙淡化生产线中，多使用物理上的清水清洗方法。它的主要原理就是利用清水来稀释氯离子，使得清洗后海沙中的氯离子含量达到标准值以下。                 

由滚筒筛筛分的卵石直接由传送带传递到废料堆放地点，而海沙则进入清洗系统进行清洗。清洗系统一般配备两台海沙淡化机械，本次的移动式洗海沙装置配备的为链斗式和水轮式。链斗装置从清洗槽内将海沙提取出来，在此过程中破坏掉海沙表面的氯离子保护膜，便于氯离子的融解，而水轮式则将海沙中的泥土、石粉等杂质进行。

海沙中含有对钢材具有腐蚀性质的氯离子，贝壳也会对建筑物的强度造成不利影响。因此如果要将海沙用于建筑行业，必须使用海沙淡化机械来进行清洗，清洗水必须是PH值为中度的淡水。水轮式洗砂机使用安装有筛网的叶轮对海砂进行筛分，在洗沙的过程中筛网容易因为氯离子的腐蚀而造成损坏，而链斗式海沙净化装置使用挖沙斗，虽然初期的投入相对较高，但是在于实用，而且清洗效果为明显。