花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

修剪时间：幼树旺树秋季修剪好，老树弱树春季夏季好。每年采收后随即修剪，为 时间。修剪方法：修剪分疏剪和短截两种，疏剪可促进开花结果，短截有利抽生强壮新梢。疏剪从枝条茎部剪去，主要剪去过密枝、交叉枝、重叠枝、纤弱枝、干枯枝和病弱枝；短截主要是截去枝条的一部分，剪去旺盛营养枝、徒长枝、衰老枝和不需要的侧枝。整形：理想的树形主干要低或无主干，各骨干枝分布均匀。主要有“开心形”和“多枝丛状形”两种树形。
采收保管储藏：①采摘。目前采摘方法仍用手工摘果，不能带叶折枝。②晾晒。除作种用的不能暴晒，一般好天气，一至二天即可晒干。晾晒过程中把杂质除去。③贮藏。将晒干的花椒（不要把种子分开）装进缸或塑料袋内，封好，可长期保存。
开发利用：①经济价值花椒产品用途很广。既是人们不可缺少的调味品，又是制造油漆、肥皂的原料，提炼的香精可作、食品的加香剂等。②绿化美化花椒树抗干旱，耐瘠薄，适应性很强。即可在山上造林保持水土，又可在庭院种植美化环境，自食其果。由于自身带刺，还可在田边、地埂、果园四周栽植，发展地埂经济和培养绿色围栏。③加工利用为了扩大效益，拓宽农村致富门路，必须办好花椒产品的加工生产。目前已开发的产品主要是花椒粉、麻辣粉、花椒油、麻辣油等。